Para su lanzamiento, se planeó poner la consola a $599 USD, 48.880 yenes en Japón y 600 euros en Europa, incluyendo dos joysticks y un juego (Baseball Stars o NAM-1975). Sin embargo, este plan fue rápidamente descartado, ya que en lanzamiento americano oficial tuvo el precio de $649,99 USD con dos joysticks, una tarjeta de memoria y el juego Magician Lord (las primeras cajas de las Neo-Geo tenían un etiqueta adhesiva dorada anunciando la inclusión del Magician Lord, sobre el plan inicial que era elegir entre dos juegos). Este paquete fue conocido como el "Sistema Dorado" (Golden System). El sistema también fue lanzado en un pack "Sistema plateado" (SilverSystem), que incluía un joystick aunque no añadía juegos o una tarjeta de memoria. Los juegos costaban $200 o más cada uno, en el arcade completo costaría alrededor de más del doble de la consola. Con estos precios "premium", la compañía pensaba que la mayoría de los aficionados a los juegos no podían pagar el sistema y por consecuencia, se planteó que fuera accesible solamente a un pequeño mercado rentable de alquiler, por esa razón en el catálogo inicial de sus juegos venían con el mensaje: “This product can only be use on the NEO GEO Rental System”. Aún sin importar eso, había numerosos clientes que pagaría por tener la consola, incluso por 650 dólares o más, es entonces cuando SNK replanteo sus planes de venta y decidió ponerlo a la venta a todo el público un año después de su lanzamiento.2​

En cuanto a la gráfica y la capacidad de memoria de los juegos, estas incrementaban con el paso del tiempo, los primeros juegos quedaban algo “flojos” en comparación a los nuevos juegos que salían a la venta. En 1992 el sistema, tanto el arcade como la consola, contaba con más 30 juegos disponibles (véase en la lista de juegos) de diferentes géneros, principalmente de lucha. Juegos como Fatal Fury, Art of Fighting, 2020 Super Baseball, Baseball Stars 2, Football Frenzy, King of the Monsters 2: The Next Thing, Samurai Shodown demostraban esas mejoras en cuanto a jugabilidad y gráfica.

Para 1993 el panorama de los videojuegos cambio considerablemente y empezaba poco a poco a dominar la “revolución poligonal”, traída de compañías como Sega y Namco. Durante ese año ya había algunas compañías ofreciendo nuevos sistemas basados en gráficos poligonales renderizados en 3D, este cambio mucho en la percepción de los jugadores de sistemas recreativas y de consolas de videojuegos. Por otro lado algunas compañías optaban por cambiar el formato de juegos en cartuchos por una más nueva y económica: el disco compacto CD. Sin embargo, SNK seguía ofreciendo todavía con éxito su sistema Neo Geo y sacó al mercado una reedición de la consola en formato CD, la Neo Geo CD en 1994,8​ que permitía al jugador poder disfrutar de los mismos juegos que los de la AES, pero sin tener que pagar el alto precio de sus cartuchos, ya que el CD era mucho más barato de producir. Sin embargo el nuevo sistema no destacó debido a la salida de sistemas más potentes de 32 bits con gráficos en 3D como la Saturn de Sega y el PlayStation de Sony, y otras razones eran porque seguía siendo caro y dedicado a ser únicamente a gráficos en 2D.1​8​

En 1996 se empieza a lanzar juegos o conversiones del sistema de Neo Geo para las consolas Saturn y PlayStation, estas conversiones no eran perfectas y presentaban algunos detalles en algunos títulos publicados. En ese año se lanza al mercado el juego Metal Slug parte de lo que sería una serie de juegos que acompañaría de manera importante al sistema hasta los últimos años de existencia, acompañado también de la saga de juego de pelea KOF.1​

Con la oportunidad de entrar al mercado de videojuegos en 3D, en 1997 lanza al mercado de lo que sería el sucesor del Neo Geo, con capacidad para mostrar gráficos en 3D, el Hyper Neo Geo 64,8​ aunque se le consideró otro fracaso por parte de la compañía que de alguna manera muchos jugadores y seguidores de la SNK preferían jugar las versiones en 2D, aunque los juegos se veían muy bien acabados no logró convencer de alguna manera a los consumidores.1​ Además, Namco y Sega tenían un hardware superior para máquinas recreativas y un catálogo mayor de juegos tridimensionales para escoger. El sistema se descontinuó en 1999, publicándose únicamente 7 títulos, de manera que tuvo que continuar publicando juegos para la Neo Geo.1​

SNK dejó de fabricar las videoconsolas para el hogar a finales de 1997, pero el software para ambos formatos y el hardware para máquinas recreativas fue producido durante varios años más (en los juegos en formato CD se dejaron de producir en 1999).1​

En 1998 lanza al mercado una consola portátil, la Neo Geo Pocket, pensada para rivalizar con la GameBoy de Nintendo, dominadora absoluta, desde hace muchos años, del sector portátil. Fue lanzada en Japón el 27 de octubre de 1998, y se siguió produciendo hasta 1999,3​para luego dar paso a la Neo Geo Pocket Color debido fundamentalmente a las bajas ventas del sistema monocromo. Lo que destacaba de esos sistemas fue la larga duración de baterías de hasta 40 horas y algunas funciones incorporadas. Aun así se le consideró otro fracaso comercial y finalmente, el 13 de junio de 2000, la compañía anuncia el cese de la producción de consolas NGPC y de software para dicho soporte.3​

Hasta el 2000, el sistema Neo-Geo seguía publicando juegos ya entrando a la generación de los 128 bits, lamentablemente los fracasos comerciales que había tenido anteriormente como compañía provocó que estuviera a borde de la quiebra, esto hizo que firmara un contrato con la compañía nipona Aruze (compañía especializada en juegos pachinko, el equivalente a las tragaperras occidentales) para obtener un plan de rescate por la cual ésta se encargaría de sus cuantiosas deudas a cambio de obtener las licencias de sus franquicias y así poder adornar las máquinas de pachinko con detalles de Fatal Fury, KOF y otros juegos de la compañía.1​

Lamentablemente la situación no mejoro, Aruze no apoyo a la SNK como se debía de ser para solo dejar de ver sus verdaderas intenciones: utilizar solo las licencias de SNK y dejar a la suerte a la compañía sin darle algún apoyo económico que tenía contemplado, dando como consecuencia la cancelación de varios títulos en desarrollo, ejemplo de esto fue la secuela aún en desarrollo de Garou: MOTW. La producción de nuevos juegos para el sistema veterano había disminuido drásticamente (Véase en la lista de juegos) hasta que la compañía SNK se declaró oficialmente en bancarrota el 22 de octubre de 2001.1​ Debido a este panorama, el fundador de la compañía Eikichi Kawasaki, dimitió para formar otra compañía, Brezzasoft. Dicha empresa en lugar de continuar produciendo nuevos títulos para la NG, se creó su otro sistema, la Crystal System.1​3​

Tiempo después, en algún momento de 2001, el mismo Eikichi Kawasaki creó la compañía Playmore, que absorbería Brezzasoft, y a partir de ahí empezaron las negociaciones con compañías coreanas como Eolith o Mega Enterprise, para proporcionar apoyo en futuros proyectos nuevamente para la Neo-Geo de la cual vio a luz a la publicación de 2 títulos: The King of Fighters 2001 y Metal Slug 4 respectivamente.1​ Noise Factory por su parte, la desarrolladora japonesa crea Sengoku 3, con jugabilidad nunca antes visto en los títulos anteriores de esta franquicia y pública otros títulos bajo las licencias de Atlus y Evoga (aunque este último se unio anteriormente con 8ing/Raizing): "Power Instinct 4: Matrimelee" y "Rage of the Dragons 3". Eolith nuevamente continuaría empleando una nueva entrega de la saga KOF, el finalmente aclamado The King of Fighters 2002, de gran calidad y basado por completo en el trabajo de la original SNK.3​

El continuo apoyo y uso del sistema con más de una década en comercialización contraería otros problemas que lo condenaría por siempre, la piratería. La popularidad del Internet trajo consigo la facilidad de hackeo de diferentes sistemas de arcade incluyendo las producidas por la SNK. Originalmente, no existía ningún tipo de protección de copia en los cartuchos del sistema, aunque fue agregado posteriormente. En 2002 se popularizaban los programas que simulaban los sistemas de arcade y consolas de videojuegos para ejecutarlos en ordenadores llamado emulador, programas como MAME o NeoRAGEx hacen dichas emulaciones del sistema Neo-Geo; con esto hay que entender que para que se logren emular dicho juego (llamados Rom en las emulaciones) se logró extraer la información de esos juegos de las memorias Rom de los cartuchos, burlándose de la protección del sistema, por lo cual, esto agravó la piratería de los cartuchos del sistema de ambos formatos, un ejemplo de ello, es que a los pocos días del lanzamiento del The King of Fighters 2003, éste ya estaba emulado y listo para ser descargado y jugado en cualquier PC o para ser portado y vendido en cartuchos piratas.1​ Finalmente, y acosada sin remedio por dicha piratería, se deja de crear nuevos juegos para el sistema en el 2004. El último juego del sistema Neo-Geo, Samurai Shodown V Special, fue lanzado el 19 de octubre de 2004.3​

Desde esos años, la compañía paso de la etapa de quiebra a resurgimiento, las compañías que había creado Eikichi Kawasaki para el rescate de éste, se funcionarían para crear la SNK Playmore, después en 2004 ganaría la contienda de demanda a la compañía Aruze por daños y perjuicios, la cual pago a la SNK, la nada despreciable cifra de 5.640 millones de yenes, unos 47 millones de Euros. Finalmente después de ese largo proceso de renacimiento, la compañía anuncio que seguiría produciendo juegos para arcade ahora bajo la placa Atomiswave de Sammy. Tiempo después lo haría para la serie de placas Taito Type X.3​

El 31 de agosto de 2007, SNK dejó de ofrecer el mantenimiento y las reparaciones de consolas Neo Geo sus juegos.9​

Al iniciar el año 2012, la misma empresa anuncio la venta de una versión portátil del sistema basado en la versión hogareña, la Neo Geo X. Dicha consola en aspecto de hardware es muy superior a la Neo-Geo original, pero ya que se trata de un emulador (FB Alpha), corriendo sobre un Linux, los resultados no siempre son lo esperado. El sistema Neo Geo X viene con juegos de la Neo-Geo AES grabados en memoria, y se pueden adquirir packs con otros juegos comercializados en una tarjeta SD. La fecha de comercialización de la consola inicio el 18 de diciembre de 2012.10​

Desde su comercialización e introducción del hardware al mercado, más de 2 décadas, con 14 años de soporte al sistema Neo-Geo por parte del fabricante, lo convierte en el sistema arcade de mayor duración en producción, inclusive más que el Sega Naomi o el Capcom Play System 2.3​